Nordstrand-gutten, som sykler for Glåmdal, krysset målstreken som sjettemann etter å ha sittet i en firemannsgruppe som i avslutningen kjempet om bronsemedaljen.
På de siste meterne trakk Stokke det korteste strået.
Den amerikanske verdensmesteren Quinn Simmons var det ingenting å gjøre med, og italienske Alessio Martinelli tok sølvet.
– På de siste meterne tenkte jeg bare at det måtte klikke i hodet, og jeg var klar for å klikke, men beina var ikke helt med. Jeg hadde krampe, og beina sto rett ut. Men samtidig er det vel den beste norske plasseringen i et junior-VM noensinne. Så jeg gleder meg over det. Laget var superbra og ofret seg for meg. Det er jeg veldig glad og takknemlig for, sa Stokke til NTB.
Han nølte ikke med å kalle fellesstarten i området rundt Harrogate «en krig hele dagen» i griseværet.
Kristoff i VM-form: – Ingen tvil om at det bør kjøres for meg
Ufyselig
Stokke hadde med seg fire norske lagkamerater på start, men satt alene igjen i medaljekampen mot slutten. Der måtte han bruke mye krefter for å tette lukene til konkurrenter som angrep.
– Gutta hadde gjort en kjempejobb til vi kom inn i rundene (i sentrum), men der ble jeg litt alene. For mange satt og ventet på at jeg skulle dra, og da måtte gjøre det. Det tappet meg for kreftene som kunne gjort at jeg hadde vært nærmere en medalje i mål, sa Nordstrand-gutten.
Torsdagens fellesstart ble kjørt i et ufyselig vær med regn og glatte veier. Den amerikanske gullvinneren Simmons stakk med 30 kilometer igjen. Deretter så han seg aldri tilbake.
Med 19 kilometer igjen stakk også Alessio Martinelli, og Stokke klarte ikke å holde bakhjulet til italieneren.
Martinelli tok sølvet, slått av vinneren med 56 sekunder. Amerikanske Magnus Sheffield tok bronsen, mens Stokke måtte ta til takke med sjetteplassen 1.33 bak vinneren.
Kristoff med ny pallplass - nordmann vant ungdomstrøyen
Ambisjoner
Fem nordmenn var på start i Harrogate torsdag. Bergenseren Sakarias Løland var ivrig i starten og kom med i rittets første brudd, men det fem manns store bruddforsøket ble etter hvert innhentet av hovedfeltet.
Johannes Staune-Mittet var en av flere syklister som gikk i bakken med sju mil igjen til mål. Til alt hell landet nordmannen på gresset og ikke i asfalten eller i steinmuren langs veien, og han kom seg raskt opp på setet igjen.
Etter en ny velt måtte VM-debutanten innse at det ble for tungt å komme seg tilbake til hovedfeltet.
Fredrik Finnesand, Sakarias Løland, Tord Gudmestad og Johannes Staune-Mittet ble til slutt henholdsvis nummer 27, 31, 35 og 66.