Wærenskjold leder nå totalt med seks sekunder ned til Fabio Jakobsen og 18 sekunder til Mads Pedersen og Søren Kragh Andersen.
Nordmannen stakk fra resten av feltet drøyt to kilometer før mål - men roet seg ned og gjorde seg klar for spurten.
Nederlandske Fabio Jakobsen vant til slutt foran Wærenskjold i Silkeborg. Deretter fulgte fem dansker med Søren Kragh Andersen i spissen.
Søren Wærenskjold vant solo på tirsdagens åpningsetappe. Fabio Jakobsen var den eneste som tok tid på mandalitten på onsdagens etappe. Torsdagens etappe er 209 km til Vejle.
Totalt etter to etapper:
1. Søren Wærenskjold, 2. Fabio Jakobsen +0.06, 3. Mads Pedersen +0.18, 4. Søren Kragh Andersen +0,18, 5. Filippo Ridolfo +0.20.