Både Fredrik Gulbrandsen og Valon Berisha spilte hele kampen for Salzburg, som avgjorde i fjerde overtidsminutt.
Berisha hadde assist på ledermålet i det 12. minutt. Den tidligere norske landslagsspillerens hjørnespark ble satt inn av Munas Dabbur, men målet burde vært annullert for hands på målscoreren.
Andreas Gruber utlignet for hjemmelaget seks minutter senere.
Gulbrandsen holdt på å gi Salzburg ny ledelse med et flott langskudd på overtid i første omgang, men i stedet måtte laget vente til overtiden i annen omgang før det ble jubel.
19-årige Amadou Haidara fra Mali scoret vinnermålet som gjør at Salzburg er ett poeng bak serielederen etter Sturm Graz' tap lørdag.
Austria Wien slo St. Pölten 5-1 og er nummer tre.