Han tråkket inn til 21.-plass ett minutt og 20 sekunder etter den danske etappevinneren Kasper Asgreen.
Det innebærer at Kristoff har 70 sekunder opp til ledende Jasper Stuyven før søndagens avsluttende etappe.
Kristoff falt til 17.-plass i sammendraget. Den avgjørende etappen er som lørdagens i tøffeste laget for spurtspesialistene. Den har tre kategoriserte stigninger og går over 159,5 kilometer.
Nordmannen vant fredagens flate etappe, men måtte se Stuyven overta ledertrøyen dager etterpå. Belgieren ble nummer to i spurten mot Asgreen.
Kristoff med spurtseier - leder Tyskland rundt
Selv om sammenlagttrøyen glapp, innehar Kristoffer fremdeles den grønne poengtrøyen.
32-åringen kom i mål sammen med Odd Christian Eiking og flere utøvere ett minutt og 20 sekunder bak Asgreen og Stuyven lørdag.
Tyngre ble det for Kristoffs lagkamerat Vegard Stake Laengen. 30-åringen var i mål omtrent sju og et halvt minutter bak seiersherren.
Lørdagens etappe var 189 kilometer lang og gikk fra Göttingen til Eisenach. Søndag går ferden videre til Erfurt halvannen time vest for Leipzig.