London-klubben meldte om overgangen på sin Twitter-konto tirsdag.
– Vi er henrykt over å kunne offentliggjøre at vi har signert Pierre-Emile Højbjerg, meldte Tottenham og avslørte at han får drakt nummer 5.
25-åringen ble fratatt kapteinsbindet i Southampton og satt ut av laget i de fleste kampene etter viruspausen fordi han bestemte seg for ikke å signere en ny kontrakt.
Liverpool signerte landslagsspiller
Det var opprinnelig et betydelig gap mellom Tottenhams bud og Southamptons krav, men klubbene ble enige til sist. Kyle Walker-Peters går motsatt vei. Han har vært utleid til sørkystklubben, men har nå signert en femårsavtale.
Everton var også ute etter Højbjergs signatur, men dansken ønsket seg ifølge britiske medier til Tottenham, ikke minst for å kunne spille under José Mourinho.
Ifølge Sky Sports koster Højbjerg 15 millioner pund (175 millioner kroner), Walker 12 millioner pund (140 millioner kroner).