Odsonne Édouard satte inn kampens eneste mål hele fem minutter inn i overtiden mot nedrykkstruede Dundee.
Ajer forlot banen på stillingen 0-0 med drøye kvarteret igjen av kampen.
Det har ikke kommet informasjon om skaden er alvorlig eller ikke, men Norges landslagssjef Lars Lagerbäck følger trolig nøye med.
Forsvarsspilleren er tatt ut i troppen som skal møte Spania og Sverige 23. og 26. mars.
Ettersom tabelltoer Rangers spilte uavgjort mot Kilmarnock lørdag (1-1), økte Celtic serieledelsen til ti poeng når åtte kamper gjenstår av sesongen.