Bardufoss flystasjon ble åpnet 1938, og er Norges eldste operative flystasjon. Flystasjonen drives av Maritim helikopterving i Luftforsvaret. Flystasjonen har også ansvaret for driften av den sivile Bardufoss flyplass på vegne av samferdselsdepartementet. Bardufoss flystasjon er mer enn en base for helikopter. Slik Nordlys anbefaler Bardufoss.
Syd for rullebanen ligger to taksebaneområder med flybunkere. Det ene er orientert mot sørøst, det andre adskilt fra førstnevnte ved et område med flere generasjoner av ammunisjoner. Sør og øst for det ene taksebaneområdet finnes et stort skvadronsområde med hangarer, verksteder og administrasjon.
I Stortingsmelding nr 38/1937 står det blant annet: «Den flyveplass som er under anlegg ved Bardufoss vil ved utstyr med bygninger og verksteder m.v. kunne bli en gunstig flyvestasjon og samtidig hovedflyvestasjon for Nord-Norge. Hit bør en landflyveavdeling forelegges fast.»
Året etter sa forsvarsdepartementet seg «enig i at Bardufoss blir centralflyveplass for flyveoppsetningen i Nord-Norge» (St. Prp. nr. 114 (1938). Departementet foreslo å bevilge midler til byggearbeider for en ving, samt til resterende planering av flyplassen. Dette vant tilslutning i militærkomiteen i Stortinget, og fra 1. juli 1939 opprettet Hærens flyvevåpen en ny avdeling under navn av Hålogaland flyveavdeling med standardkvarter på Bardufoss.
Den politiske føringen er å utvikle den luftoperative virksomheten på Bardufoss. Det gjelder ikke bare helikopter, men også alle de ulike flytypene som allierte vil komme med til flystasjonen
Startbanen øst-vest ble utbygget til Nato-standard, det vil si forlenget til ca 2. 500 meter med sikkerhetslengde i vest. SAS begynte å trafikkere Bardufoss på helårsbasis i 1956. Da ble terminal og kontrolltårn bygd.
Fra midten av 60-årene startet de store NATO-øvelsene, hvor flystasjonen blant annet fikk testet planene for mottak av alliert støtte. Banelegemet ble forsterket med et ekstra betongdekke. Dette gjør at også de aller tyngste transportflyene kan lande her. Under øvelser landa det Lookhed C-141 Starlifter fra US Air Force på Bardufoss flystasjon.
332-skvadronen ble oppsatt med Spitfires og ble overført fra Værnes til Bardufoss, og som med dette fikk sin første operative skvadron etter krigen. I 1954 ble 339-skvadronen oppsatt med helikoptre og fast stasjonert på Bardufoss. I 1966 ble et luftvernartilleribatteri overført fra Rygge til Bardufoss.
For å styrke Kystvakten ble 337-skvadronen gjenopprettet. Den ble oppsatt med Lynx-helikoptre og fikk Bardufoss som fast base. Bardufoss flystasjon er det luftmilitære etablissement i Nord-Norge med lengst kontinuerlig historie. Etter omfattende rekognoseringer ble Bardufoss utpekt som hovedflyplass for Troms i 1935.
Forsvarsminister Odd Roger Enoksen lover oppgraderinger på Bardufoss flystasjon. Den politiske føringen er å utvikle den luftoperative virksomheten på Bardufoss. Det gjelder ikke bare helikopter, men også alle de ulike flytypene som allierte vil komme med til flystasjonen. Under nåværende øvelse har det vært både amerikanske og britiske helikopter, samt svenskene med jagerfly. I tillegg har det vært både større og mindre transportfly på Bardufoss.